在戰鬥前，大蛇丸以穢土轉生禁術，將初代火影和二代目火影復活，跟自己合擊第三代火影。戰中，他在往日的師父面前露出自己的真面目，面具下一個不為人知的年輕貌美女人的臉，去證明自己的轉生術已經成功，並已奪取了此女的身體作自己之用長達多年(此時大蛇丸雖然靈魂沒變，但在生理上完全是個女人，無面具偽裝時說話聲音為此女的聲音)。第三代火影見往日的弟子已經走火入魔，決定清理門戶。
二人交戰時初時不分上下，第三代火影雖被稱為“最強火影”，但由於年邁力衰，功夫大不如年輕時期，無法招架，只好使用當年四代目火影封印九尾的忍術——屍鬼封盡，三代目火影用兩個影分身將初代火影和二代火影封印，由自己的本體封印大蛇丸，但由於在封印過程中，大蛇丸操縱草雉劍重傷第三代火影，最終未能完全封印大蛇丸，只封印了他的雙手，使之無法結印。
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他的雙手被封印後，失去了使用忍術的力量（因為絕大部分忍術皆要以手結印和提煉查克拉才能使出），只好帶領音忍撤退。砂忍其後才知道真正的風影已被大蛇丸所殺，就跟木葉重訂和約。大蛇丸這場“木葉崩潰行動”，最終以失敗告終。
……
大蛇丸為了醫治雙手，他和手下兜主動去短冊街找三忍的醫療聖手-綱手請求診治。由於綱手態度強硬，大蛇丸以替綱手死去的弟弟和情人復活（即穢土轉生禁術）作交易條件，並以七日為限期。七日後雙方再次交涉，但綱手拒絕了大蛇丸的提議，大蛇丸和兜見狀露出了殺心。同時自來也和鳴人也趕到了現場。
期初大蛇丸利用綱手怕血這一弱點佔據上風，但隨後綱手就被鳴人激勵擺脫了對血的恐懼，使用了創造再生，三忍展開大戰。
鳴人先於三忍大戰對兜使用了剛學會的忍術-螺旋丸並成功重創了兜，但自己也因體力不支而昏倒。此時大蛇丸和自來也激戰正酣，大蛇丸本想趁此機會解決掉鳴人，不想劍被綱手擋住，大蛇丸沒能得逞。之後大蛇丸以及萬蛇均被擊敗，大蛇丸和兜撤退。
這之後，大蛇丸因受不了原來女人身體雙手被封印所帶來的痛苦，故加緊派音忍四人眾前往勸誘佐助投靠音隱村。佐助到來前，大蛇丸不得不拋棄已無法使用雙手的美麗女人身體（因轉生對靈魂有損傷，所以在容器還能用時，不會輕易轉生。），臨時以所捕忍者幻幽丸的身體進行靈魂轉生。儘管之後犧牲了音忍四人眾及擁有血繼限界的君麻呂，但成功讓佐助來到音隱村，並積極對其進行培訓，企圖用佐助作為下一個容器。
……
三年後，木葉村的“新第七班”隊長大和從‘曉’的蠍處得到訊息，知道其派往大蛇丸的臥底將於天地橋處跟其會面，並欲籍此找到關於佐助的線索。鳴人一眾按照指示到達天地橋，卻遇上了大蛇丸。大蛇丸跟因憤怒而化成四尾妖狐的鳴人進行了一場激烈的戰鬥(兜稱這為‘怪物間的戰鬥’)，及後卻因身軀已達極限，故帶同兜及團藏派來交涉的佐井一起離開。
但大和班眾人沒有放棄，追蹤至大蛇丸的巢穴，找出並成功勸告佐井歸隊。之後他們分成兩隊，以求加快尋找出佐助的位置。途中佐井及鳴人一隊卻碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鳴人再度交手，而鳴人卻讓佐井先往尋找佐助。後小櫻及大和前來支援，大蛇丸不欲戰鬥而遁去無蹤。不久，鳴人、小櫻跟佐助再度會面，但佐助卻不領舊情，欲把他們全部殺掉。這時大蛇丸突然出現，出奇地阻止佐助殺死鳴人他們，因為大蛇丸認為他們還有利用價值，可替他多殺掉幾個‘曉’的成員(因為大蛇丸曾是‘曉’的成員，後叛離而同時給‘曉’追殺)。佐助會意而放棄殺害鳴人們的念頭，和大蛇丸一起隨風而消逝。
……
不屍轉生的三年期限屆滿後，連兜的藥也已無助，大蛇丸認為是時候以佐助的軀體進行靈界轉生。另一邊佐助認為大蛇丸該教他的全都學會了，大蛇丸的存在對其來說沒有利用價值，故先發制人，衝進其房間進行刺殺。大蛇丸也不甘示弱，現出白鱗大蛇真身，並即席進行靈界轉生。然而，他卻諷刺地在自己進行轉生的結界內，被佐助反吞噬及奪去一切力量，留下一副大蛇軀殼。結果因自身極其虛弱，不敵佐助的寫輪眼而被佐助反侵，靈魂與力量被完全壓制，雖生猶死。
之後，佐助與自己的哥哥鼬戰鬥時，由於查克拉耗盡而釋放出大蛇丸，他重見天日後本欲與鼬一較高下，未料被自己苦心尋找的十拳劍封印在鼬的幻術之中，保命用的小白蛇也被鼬的天照燒死。
第四次忍界大戰期間，佐助、重吾、水月將大蛇丸從御手洗紅豆的咒印中復活，大蛇丸並自兜身上取回了自己的查克拉以及兜在這期間所掌握的情報，與佐助、水月和重吾一同去尋找“知道一切真相的人”。之後大蛇丸在宇智波一族的南賀神社利用之前留下卷軸的內容將被屍鬼封盡封印的自己雙手及前四代火影的靈魂放出，並利用附身在佐助身上的監視用白絕施展穢土轉生，召喚了前四代火影；自己則以白蛇形態逃離因施術而瀕死的軀體，奪取了具有初代細胞的白絕身體，並且恢復了雙臂。大蛇丸在兜的體內的這段時間想通了，連一直學習自己生存方式，處心積慮計劃一切的兜都失敗了，故選擇幫助佐助，想要見證一個不同於自己的人生。
……
佐助決定阻止斑的陰謀後，大蛇丸與鷹小隊剩餘成員一同趕往戰場治療五影。
隨後來到戰場，與綱手在鳴人的回憶中看見自來也的墳墓，感到慚愧。最後與忍者聯軍們合力，成功從十尾人柱力宇智波帶土體內抽離尾獸們。