幾日後，島津忠直率領五萬大軍進入攝津開始收復失地，留守的三好義繼率領三好家一萬餘人固守等待毛利家的動靜。

毛利元就得知訊息後，也知道三好家的安危關係到毛利家自身的利益，畢竟唇亡齒寒，他不能坐視三好滅亡。

島津忠直圍攻攝津之時，當即讓本多正信帶領一萬五千人與新田義信匯合，掃蕩播磨國內的反島津勢力。

赤松政秀兩次輸給黑田官兵衛，等新田義信率領赤松義佑，小寺政職等人兵馬出動，赤松政秀連忙出逃，投靠別所安治。

別所安治立刻飛檄秘密聯絡東播磨的諸城，將三木城的防區大大地擴充套件，嚴密防守進行籠城戰。

東播磨的各小城的小豪族均帶領一族集合於三木城，總兵力達到七千五百騎。

他下令在三木城的城東堆起了一個大土堆，西面用高木築牆，利用綿延四千米的三嶽、山谷和小川，構成了一個極大的城郭。

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同時，作為支援的各支城的神吉城、志方城、高砂城、野口城、端谷城、衣笠城、渡瀨城、澹河城等，嚴密加強防備，並隨時與三木城本城聯絡，使東播磨地區的防衛相當地嚴密。

新田義信當即率領大軍進攻別所安治，別所安治連忙進入堅城三木城籠城，在三木家的幫助下，大量的兵糧透過毛利家水軍運入城內。

新田義信期待趁著赤松政秀快速潰敗的大勝，直接將東播磨的諸勢力一舉消滅，並利用山路向三木城內進行偵察，將本陣安置在一個叫大村的地方休息。很快就被別所方很快察覺後，別所方聯絡各支城，發動夜襲。

在日沒之後，別所方向在大村坂屯駐的秀吉軍的本陣發動夜襲。援軍的第一陣是志方城主櫛橋尹則，在寂靜的黑夜裡向敵陣的所在地大村坂進發。第二陣是野口城主長井四郎左衛門，第三陣是神吉城主神吉賴定。合戰由高砂城主梶原景行擔任軍奉行，負責進退軍令的下達。其他的城主在各處集結，手持未點燃的松明，在暗黑的夜中等待向敵陣進軍的命令。

好在新田義信也是一個有才能的人，同時還有本多正信，黑田官兵衛輔左，因此，別所安治的夜襲功虧一簣。但是這給島津軍造成了一定的麻煩。

因為夜襲大有收穫，三木城內，守兵上下一心，士氣正盛。

新田義信對東播磨城兵意外的強硬態度感到驚慌，於是詳細探察了播磨的地形，最後在認為安全的平井山構築了本陣。隨後發動強攻，但是在進攻一天之後，三木城依然在別所家手中。

隨後新田義信瞭解到地利及各支城的配置之後，發現想簡單地攻陷三木城是不可能的事情，三木城意外地強大，並擁有許多支城的支援。

他對著眾人，苦惱道：“三木城周邊的支城對我們攻略三木城造成了很大的麻煩啊。”

本多正信提出建議，說道：“新田大人，在下以為，既然在攻打三木城之前，這些支城會影響我軍，那就不如先把三木城周圍的別所家臣子城砦攻下，以免他們之後再相互呼應。”

新田義信接受了這個建議，他便分兵攻打周邊的城砦。經過定了攻擊三木城各支城的順序，先攻下了野口城，接著神吉城和志方城先後落城，終於對三木城完成了基本的包圍陣勢。

探知三木城兵糧豐富的新田義信，派出斥候前往調查，並很快地發現了毛利的援軍從魚住之浜和高砂城向三木城不斷地輸送物資。

他立刻率軍向高砂城進軍，但是黑田官兵衛擔心城內兵馬會和毛利軍聯手，有戰敗的危險，新田義信仔細思考後，認可了這個建議，於是佈置了一支兵馬防備。

果不其然，在島津軍進攻高砂城的時候，毛利軍突然登陸，朝島津軍發起攻擊，本多正信連忙領兵殺出，與新田義信夾擊毛利軍，毛利軍立刻撤退。

最後新田義信立刻編組大軍發動第二次的攻擊，高砂城主梶原景行在城破損沒有勝算的情況下，將城兵送入三木城，自己出家改法名為龍庵到刀田山鶴林寺的林中蟄居，放棄了城池。

成功地切斷三木城糧道的新田義信，很快又發現毛利的援軍從兵庫港將糧食運入花隈城，透過丹生山，從澹河城山中的通道將武器和軍糧送入三木城的途徑。

新田義信立刻發動攻勢，將丹生山上的砦燒燬，並將佛教傳來的聖地明要寺也一同燒燬。

之後島津軍向澹河城發動攻擊，被城主澹河彈正定範用計略大敗。澹河彈正定範在作戰獲勝之後，立刻與一族郎黨一起進入三木城籠城，使島津軍上演了一出大兵進攻空城的大失態的表演。

就這樣，新田義信將三木城的糧食通道一個一個切斷，將三木城的包圍圈逐漸縮小。

這時，新田義信發現川中出現許多竹筒。感到不可思議的他命令人調查，發現這些經過三木川流入三木城的竹筒中都裝滿了米，是脅川的教海寺門信徒將糧食暗中送入三木城中的。

因為島津軍佛門聖地的緣故，他們才會支援別所安治，新田義信因為島津忠直，也對佛門沒有好感，因此立刻派兵將教海寺焚燒，並將僧侶和信徒都抓起來全部殺害，同時將三木城周邊的寺院和神社全部都燒燬了。

三木城被島津軍團團包圍，雖然糧食不成問題，但是島津軍內鐵炮大筒很多，因此新田義信每日讓人對著城內射擊。

別所安治覺得這樣下去不是辦法，便與眾人商議，澹河彈正定範說道：“別所大人不是得知平田砦是島津軍儲藏軍糧和軍備的地方嗎？在下以為可以攻打平田砦，島津軍沒了兵糧軍備，大軍自潰。”

別所安治大喜，當即派人與毛利家聯絡，很快，毛利家僱傭根來眾和雜賀眾共八千人出手。

平田砦遭受攻擊，新田義信意欲救援，黑田官兵衛連忙說道：“三木城內的別所安治一定不會放過這個機會，必定從後方攻擊我軍。”

新田義信連忙問道：“很有可能，你覺得如何？”

黑田官兵衛當即獻策，讓一部分人先行，找個地方躲起來，然後其餘兵馬繼續向平田砦進軍。

很快，新田義信就和根來眾，雜賀眾在平田砦附近爆發大戰。

別所安治率領三千精銳出戰，遇上黑田官兵衛率領的伏兵，雙方一番激戰，別所安治敗退。

別所勢大將格七十餘人、士卒八百餘人討死，負傷者無數。經過大村合戰後，別所勢失去戰意，澹河彈正定範一族在加左地方與一族郎黨一起自殺。

這一戰後毛利方完全無法向三木城中輸送兵糧，大半被新田義信的部隊抓住，之後三木城中的糧食開始貴乏。

糧道斷絕的三木城內，飢餓的現象開始出現，軍馬、狗、老鼠都被用來充飢，連草根都被用來食用。

知道缺乏糧食的新田義信趁機將八幡宮的裡山砦、鷹尾砦逐個擊落，乘勝追擊的島津軍透過激戰，攻破由新兵把守的大手門，攻下了新城。

三木城的籠城使別所氏的部隊和播磨武士名揚天下，但是由於糧道閉鎖及死傷者過多的消耗，導致戰鬥力低下，最終沒有勝算而覺悟的城主別所安治下定決心，向新田義信送去了以城主一族的性命來換取家臣及領民的性命的條件的降伏書狀。

新田義信接受了別所安治的投降，別所安治與自己妻兒子女自盡。

在新田義信進攻播磨的時候，島津輝忠率軍進攻但馬的山名右豐，這山名右豐在山名家衰落後，重新統一但馬，可見是一個有能耐的人，因此比較強硬。

得知島津輝忠前來進攻但馬國，便與毛利家勾結，但是毛利家主力正在攝津與三好家一起對抗島津忠直，支援有限。

最終山名右豐的居城被島津輝忠攻破，本人死於亂軍之中。

而在因幡的山名豐國得知山名右豐戰死，島津輝忠兩萬大軍正在殺來的訊息後，立刻向島津家投降。

這時候，尼子家的家臣山中鹿之介得知島津軍已經攻下但馬因幡等國，距離出雲已經不遠，他立刻說動尼子勝久投靠島津忠直。

山中鹿之介被人稱為山陰的麒麟兒，初陣就斬殺了山名家勇將菊池音八，名聲大噪，隨後白鹿城救援戰，與杉原盛重的部將品川大膳單挑，勝出以後，毛利眾人也知道此將存在。由於當時幸盛的頭盔是鹿角，鹿介之名由此得來。

然而，一將的勇鬥無法挽救尼子的滅亡，月山富田城終於陷落了，山中鹿之介流浪到京都東福寺，出家當了和尚。傳說他對著家傳的三日月鹿角兜發誓，寧願天降七難八苦到己身，也要復興尼子家。

島津忠直見到尼子勝久和山中鹿之介等人來投，大為高興，當即派遣他們去幫助島津輝忠，並且承諾，擊敗毛利家後，會把出雲一國賞賜給尼子家。

拿下因幡和但馬兩國的島津輝忠沒有急於繼續進攻，首先是美作國內的西邊是毛利家的領地，東邊是赤松氏和三浦氏的領地。

其次伯耆國地勢易守難攻，只有從美作國內進攻，才是島津輝忠最好的選擇，所以島津輝忠停留在因幡，等待新田義信攻下播磨。

十餘日後，新田義信率軍與島津輝忠在美作國內東部，赤松氏和三浦氏面對三萬多島津軍，當即投降。

而毛利元就已經從攝津撤回部分兵馬在美作國佈置防線。

這時候尼子家這步棋可以用了，山中鹿之介孤身一人進入伯耆國，說動當地投靠了毛利家的國人重歸尼子家，畢竟尼子勝久背後可是島津家。

很快，伯耆國內的大部分國人叛變投入島津軍麾下，隨後山中鹿之介回到出雲國，繼續慫恿那些投降的尼子家舊臣反叛，沒多久，山中鹿之介等人奪回了尼子家的居城。

毛利元就得知出雲和伯耆國兩國大亂，便知美作已經沒必要堅守，當即往後撤退。

島津輝忠一邊進軍掃蕩美作，一邊讓新田義信進入伯耆國和出雲國穩定局勢。

毛利元就當機立斷，立刻撤回在攝津的兵馬，全力應對本土的大戰。

沒了毛利家支援的三好義繼哪裡是島津忠直的對手，毛利元就還希望三好義繼可以抵擋一段時間，結果不過半個月，三好義繼等人就敗退回四國。

這時候，島津家的水軍出現在瀨戶內海內，這是一支十分龐大的水軍，有遠江，尾張，以及島津自己的本部水軍。

麾下水軍大將不少，有島津利久，蜂須賀小六，本間孝虎，九鬼嘉隆等人。

這支水軍有船隻八百餘艘，最大的一艘是兩千石的鐵甲安宅船。

三好家的水軍被島津家的水軍打了個措手不及，幾乎全軍覆沒。

島津忠直大喜，他一邊讓水軍防備毛利水軍，另一邊親自領兵進攻四國。

三好義繼拼死抵抗，但是面對島津忠直的勐攻，三好軍兵敗如山倒，很快，三好家徹底滅亡，三好義繼等人戰死。

島津忠直立刻派出使者去土左等諸國，讓他們立刻前來拜見。

土左的長宗我部元親一看島津家勢不可擋，立馬識趣的跑來拜見，得知此事的一條兼定大怒，他居然起兵抵抗島津忠直，結果兵敗身死。

攻打一條兼定一戰，長宗我部元親最為出力，不過島津忠直也沒把整個土左賞賜給元親。

島津忠直鯨吞了四國，覆滅了三好一族的勢力，佈置了自己的家臣大谷信隆在此處理政務，穩定當地的局勢。

當然島津忠直還給他留下了一萬五千人作為保障。

而島津忠直則是率領剩餘的一萬多人與島津輝忠匯合，並且他又從京畿調來兩萬人，總計六萬人聚集在美作，準備與毛利家決一死戰。

不過現在的情況看起來，毛利家已經窮途末路。