就在織田武田朝倉淺井聯軍將士和大聯軍玩長槍方陣互懟的時候，有幾處大聯軍的方陣承受不住壓力，被突破了，周圍的織田武田朝倉淺井聯軍將士頓時大喜，紛紛湧入缺口，勝利的喜悅沖淡了他們還拿著三米多長長槍的現實，大聯軍長槍方陣後方衝上來的大師們頓時用薙刀讓他們清醒過來。
這種長槍拿來組成方陣玩對攻是非常棒的武器，但是一旦被人家近身那可就是噩夢了。僧兵們平時除了吃齋念佛啥事都幹，自然不是飢一頓飽一頓的農兵能比的，雖然武士們極力反抗，但是好虎架不住群狼啊，大師們數量優勢決定了這些衝進缺口的織田武田朝倉淺井聯軍將士的悲劇。將這些衝進缺口的敵軍消滅的差不多後，大師們也不追擊，再次後退，讓後方重整旗鼓的長槍方陣再頂上來和織田武田朝倉淺井聯軍將士打對攻。
這種堪稱無恥的戰術讓織田武田朝倉淺井聯軍的軍事素質優勢完全發揮不出來，就算用長槍方陣擊敗了對方，追擊的時候也會遭到僧兵們的貼身砍殺，幾個來回後，織田武田朝倉淺井聯軍士氣大跌。織田信長和武田晴信見此，只能無奈下令暫時退兵，正面強攻打不開局面，兩人只能商量別的辦法了。
是夜，織田武田朝倉淺井聯軍湊出五千騎兵，由飯富虎昌和柴田勝家統帥，準備繞道對大聯軍展開夜襲。但是還沒等到飯富虎昌等人出發幾里路，織田信長和武田晴信先聽到自己軍營裡殺聲震天。原來足利墨龍藉助熊野水軍和駿河水軍，連夜運送三千精銳，由劍豪大名北畠具教親自率領，從海灘悄悄登陸，對織田武田朝倉淺井聯軍大營展開夜襲。飯富虎昌等人無奈，只得回援本陣。但是聯軍成分複雜，北畠具教的夜襲造成了極大的混亂，很多聯軍將士廝殺半天才發現對面也是自己人。
就在織田武田朝倉淺井聯軍經過一夜動亂，即將迎來黎明的時候，足利墨龍卻命令大聯軍主力盡出，織田信長和武田晴信如何擋得住，很多人從昨天白天一直廝殺到今天凌晨都沒有休息，早就精疲力竭，七萬大軍竟然就這樣被放了鴨子。好在大聯軍本身內部也很混亂，在追擊中基本上各追各的，足利墨龍也沒法完全進行指揮，倒是讓絕大部分敗兵逃回了尾張境內。
給織田武田朝倉淺井四家一次性大放血，足利墨龍頓時心滿意足，保守估計對面估計也得損失上萬人，這樣就可以了，削弱太多，便宜大聯軍也不是他想要的，維持平衡才是正理。而且兩邊對峙了快一個月，可以說都極大地消耗了戰備物資，這樣應該也就搞不起什麼事情了。和大聯軍各個勢力聯絡了一下感情，確定了以後自己上洛時的合作關係後，足利墨龍滿意的回到了關東。他倒是不擔心大聯軍最後會發展為一個獨立的勢力，這樣一個鬆散的聯盟凝聚力太低，這次要不是他親自去指揮戰鬥，還真有可能被織田信長和武田晴信打崩。沒了自己統帥，這個聯盟裡誰肯服誰呢？
被足利墨龍暴打了一頓後，織田武田朝倉淺井四家可以說都冷靜了很多，他們雖然當時不知道怎麼回事，但事後打聽一下還是能知道點風聲的。得知長島合戰，他們面對的是足利墨龍本人指揮後，頓時都沒了脾氣，紛紛埋頭種地開始舔傷口，當然也可能是憋大招。畢竟朝倉義景經過這次事件後，整個人變化很大，據說以前對戰爭好不感興趣的他居然也開始去慰問軍隊了，畢竟歷史的發展還是和朝倉宗滴說的很一致的。之前是對足利墨龍的恐怖缺乏清醒的認識，所以也不怎麼看得起織田信長這個暴發戶，但現在看來，不和這個暴發戶聯手，真的是連和足利墨龍一戰的資格都沒有。
武田晴信受的損失稍微輕一點，他部下可以說是戰鬥力最強的一部，雖然打得也相當慘烈，但是夜襲的騎兵隊大部分都是他湊得分子，結果反過來在遭到夜襲的時候，損失反而最小，飯富虎昌看到局勢不妙，直接撇下織田信長，護著武田晴信跑路了。畢竟騎兵可比步兵金貴多了，別說農兵了，很多武士大爺都沒有馬可以騎呢。一溜煙跑回甲斐後，武田晴信直接出家了，武田信玄就這麼新鮮出爐，還順便搞出來“風林火山旗”。不這樣不行啊！上次川中島和八王子城的慘痛損失還有開拓了北信濃二十萬石的功勞衝抵，這次什麼好處都沒撈到，反而死傷超過三千人，已經很影響武田信玄在國內的統治了，魔龍會的那幫吃裡扒外的傢伙，可是很希望足利墨龍能夠統治甲斐和信濃啊。
至於織田信長就是徹底的虧大了，原本頻繁出兵美濃已經讓尾張國人眾對他很不滿，但是統一了濃尾兩國後，織田信長在家中的威望頓時如日中天，這次卻硬擠出來五萬大軍南下，被足利墨龍一頓猛抽後戰死的人數就超過五千了，受傷的更是不計其數，就算織田家家大業大也經不住這種折騰啊。而且這次出征沒有撈到什麼好處且不說，更讓尾張美濃豪族們惶恐的是足利墨龍親自指揮了長島合戰，本身就表明了一個態度：不希望看到織田家進一步擴張了。一切的一切，可以說讓織田信長瞬間陷入焦頭爛額的尷尬境地，短期內別說對外征伐了，就連自保都困難。好在織田家塊頭夠大，一般也沒人敢惹。
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北近江的淺井家倒是被陰了一把，早就察覺到淺井家這個亂臣賊子想搞事情的六角家，在夜襲中重點關照的就是淺井家，雖然他們只出動了四千軍勢，但直接被打得傷亡過半，完好無損跑回來的居然只有兩千人！
最滋潤的反倒是三河的松平家，他們這種小勢力一般來說肯定是衝鋒在前，撤退在後，什麼髒活累活都得他們幹的。但面對夜襲這種不可控因素就沒有辦法了，素來以忠厚耿直聞名的三河蠻牛們倒是第一個跑路的。算上之前一系列戰鬥，死傷也不到五百人。