三個月後，木葉村火影大樓最近設立的暗部辦公室內，身穿便服的繩樹坐在主位之上，與幾個穿著揹帶制服帶著動物面具暗部談話。

自從三個月前的那場木葉高層會議之後，繩樹便立刻走馬上任，正式成為了暗部部長。

由於繩樹攜大勝之勢凱旋而歸，職位也是由三代親自認並或得了所有高層的一致認可，對火影絕對忠誠的暗部成員沒有一人對此任命表示任何異意。

在三代的見證之下，所有暗部成員非常乾脆地向繩樹效忠，全程的開啟感知秘術沒發現任何負面情緒。

其過程之順利，讓繩樹都不禁懷疑自己到底是不是穿越主角！按照一般套路這時候不是應該有不開眼的反派主動跳出來主動挑釁，在被自己打臉之後懷恨在心，然後再上演一番長達數十萬字的背叛、陰謀、仇殺等狗血劇情嗎?

雖然發覺現實與自己的想像完全不同，但是繩樹對於這個結果還是欣然接受。

正所謂新官上任三把火，繩樹在完成交接之後，只花了一夜時間便將所有暗部成員的資料研究了一遍，並利用系統為每一個人建立了專門的詳細檔案，將他們的各項能力、性格、任務情況、人際關係都記錄其中。

所以在第二天暗部會議之上，平日裡以神秘著稱的暗部成員，發現新任的上司對他們每一個人都非常瞭解，甚至有一些事情連他們自己都已經記憶模糊，但是對方卻一清二楚。

這種被人摸透的感覺，會讓所有人產生敬畏之感，尤其是對他們這種注重隱藏身份的暗部來說，這種感覺尤為強烈。

繩樹雖然說話時的表情非常陽光溫和，但是不經意間流露出的濃厚殺氣，讓一眾久經廝殺的暗部都不禁汗毛直立，甚至頭冒冷汗。

繩樹隨便小露一手之後，便將所有暗部全都懾服，原本個別人由於繩樹的年齡原因而殘留在本能中的輕視也立刻消失得無影無蹤。

他們認識到這位天才上司，無論是在實力還是地位上都可以輕鬆碾壓自己。再聯想到這位在渦之國戰場以一已之力屠滅數千忍者的殘酷手段，自己如果不盡心效命，不止會影響前途，恐怕連小命都會有危險。

在確立自己的威信真正收服了所有部下之後，繩樹便立刻按照自己的想法對暗部進行改革！

在三代火影以及白牙這位出色的老牌暗部隊長的內外配合下，繩樹對暗部的改革進行得非常順利，這三個月以來已經卓有成效。

火影大樓內的這間暗部辦公室便改革的成果之一，原本暗部由於直屬火影統領，所以一直沒有如同根部一樣設立獨立的總部基地，或者說他們的總部就是整個火影大樓，這也是原著中總可以看到暗部小隊在火影辦公室內神出鬼沒的原因。

繩樹在接手暗部之後的第一件事，便是在木葉村內的戰略要地選定了一個隱蔽的地點，建立了起了暗部的總部基地。

這處基地佔地面積龐大，而且大部分空間都在地下，其間佈滿了各種嚴密的結界與陷阱，無論是天空還是地下，基地周圍百米範圍內的360度空間沒有一點死角！就算是繩樹的蜉蝣之術也很難在不驚動任何人的情況下無聲無息地潛入！

除了嚴密的防禦措施之外，總部內各種設施都非常齊全，集訓練，戰鬥，生活，辦公為一體！光是機密資料庫的規模就可以與火影大樓相媲美！

暗部資料中，除了暗部收集的情報與秘密檔案之外，還存有暗部傳承下來的各種秘術！而繩樹更是慷慨地將千手一族的各系忍術的複本放入其中，並立下了嚴格的內部功勳兌換制度，以供暗功成員兌換修煉！

平日沒有任務之時，暗部成員便可以在總部內各自修練，而且繩樹還立下規定所有暗部成員在空暇之時，每三天至少要在總部內參加一次集體訓練！

這一規定受到了所有暗部成員的一致擁護，他們再也不用像以前一樣沒有任務之時只能待在火影大樓裡浪費光陰。

這樣一來不僅可以增強實力，還可以熟悉同僚之間的戰鬥式，培養整個部隊的默契與機率，讓暗部真正成為一支王牌特種部隊。

雖然總部已經建立，但是由於暗部還擔任了保護火影與木葉安全的主要任務，所以繩樹在火影緊貼辦公室的隔壁建立了一間暗部辦公室。不僅可以作為暗部明面上的辦公地點掩人耳目，而且方便保護火影的安全和接收火影命令，其功能與前世的警衛室相似。

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另外繩樹接收暗部之後，發現整個暗部的內部機構劃分非常粗略，只有簡單分隊與隊長單位，各分隊也沒有明確的分工！這中簡單的構架怎麼可能真正撐起暗部這種功能多樣權力部門?

所以繩樹立刻對暗部的內部機構進行改革，雖然繩樹對於這種部分管理沒有任何經驗，但是前世除了動漫之外，各種諜戰片也看了不少！

雖然對於我黨地下組織的具體結構一直不太瞭解，但是對於某黨的特務組織確是耳熟能詳！

於是繩樹乾脆就效仿某統的結構再結合忍界的情況，為暗部山寨了一個結構體系。

首先每四到五名暗部成員組成組成小隊的基本單位不變。

在部長之下情報組與行動組兩個部門。

而後情報組又分為：軍事情報大隊，安全情報大隊，通訊情報大隊。

行動組分為：警衛大隊，刺殺大隊，審訊大隊。

這兩組六大隊除了專業任務不同之外沒有高下之分，而且要求保有相同的正面戰鬥力，具體功能可以顧名思義，就不一一解釋。

按照繩樹的計劃，各大隊由30到40個暗部小隊組成，且每十個小隊組成一個中隊由一名中隊長統領，整個暗部的成員至少千人，未來如果條件允許，他還會在本國與敵國城鎮建立分部。

分部的結構與總部類似，但是規模要小上是被，分部的最高長官叫作“站長”。除了與繩樹這個部長以示區別之外，也是為了滿足他自己的惡趣味。