等趕到扶風之時，李自成兵分兩路，其中有各路義軍組成一支真容龐大，足有十五萬之中的大軍，轉而向北，企圖攻下麟遊縣，繞過鳳翔逃竄。而李自成與高迎祥兩人，卻帶著不足五萬精兵，向西行二十裡，與大部隊脫離之後，掉頭向南。
果然，李自成這一番障眼法成功騙走了佔據鳳翔的曹文詔，向西的大門再次為李自成與高迎祥敞開。
崇禎八年八月初三，曹文詔率軍離開鳳翔，北上麟遊縣堵截義軍大部隊，而李自成與高迎祥卻趁機，度過鳳翔向甘肅一帶逃竄。
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於此同時，洪承疇也提兵，從西安殺出，向麟遊縣方向追去。一直趕到杜陽山一帶，兩軍追上了義軍大部。隨後，慘烈的屠殺就此開始。
一直持續到當天半晚，杜陽山一帶屍體層疊，鮮血匯聚成河，一路流到橫水，方才隨著河水匯入黃河。經此一戰，十五萬義軍，被斬殺三萬，五萬人被俘，其餘人不知所終。然發現李自成與高迎祥不在人群之後，洪承疇勃然大怒。
再加上其自身也沒有多餘的糧草，提供給這些俘虜，於是洪承疇將被俘的五萬人盡數坑殺。是日也，天昏地暗，日月無光，西風為之嗚咽，天地為之動容。
處理掉這些義軍之後，洪承疇當即命令，大軍西向，務必絞殺這股義軍。
李自成與高迎祥一路向西，沿途接納各路義軍，以及大量活不下去的饑民踴躍加入義軍，來到秦州之時，大軍已經恢復道十萬人上下。行走至隴西，遇到同樣逃竄入陝西的張獻忠，羅汝才等人。義軍的兵力也恢復到了十五萬人。
隨著人數增多，大軍的行軍速度也逐漸減慢，同時軍中消耗也日漸增多，李自成漸漸有些力不從心。
與此同時，緊追而來的洪承疇也越來越感覺出一眾無力之感。他已經做到了他能做的極限，甚至不惜揹負罵名，也要坑殺義軍，就是為了震懾天下，控制流寇的規模，但這才僅僅幾天時間，流寇卻已經恢復到了十五萬人之多，真是天亡大明麼？
此時，洪承疇手中的兵力經過連番損耗，也降低到了兩萬上下。洪承疇上書崇禎，請求崇禎撥付錢糧，增加兵力。但發出去的奏疏，卻猶如石沉大海，沒有聽到一絲波瀾。
崇禎八年八月十八，正是一個好日子。洪承疇率領大軍在亂馬川與義軍相遇。前鋒前鋒中軍劉弘烈手中只有三千人，被兩萬義軍包圍，奮戰半日，不敵被擒，不就被殺。副將艾萬年、柳國鎮前往救援，卻又中了義軍的埋伏，當場飲恨疆場。
曹文詔得知訊息，瞪著眼睛大罵，立即趕到承疇那裡請求進軍作戰。洪承疇鄭重道：“曹將軍真乃虎將之才，一身是膽，將軍盡可出征，我統帥大軍隨後便至。”
於是曹文詔領兵三千，憤而出發，在在鎮寧的湫頭鎮同義軍相遇。曹變蛟率先登上城牆，斬首五百人，追敵三十裡，曹文詔率領步兵跟在後面。
義軍埋伏下的數萬騎兵突然出來包圍了他們，箭像刺蝟的刺一樣密集。義軍並不知道是曹文詔的軍隊，有一名小兵被俘後捆綁得心急了，大聲呼叫說：“將軍快來救我！”
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義軍這才認出曹文詔，一股驚喜之感瞬間籠罩著李自成與高迎祥等人，於是更加緊了包圍圈。曹文詔左右跳蕩，親手殺了幾十個義軍，輾轉拼戰了幾里路。最後體力不支，拔刀自殺而死。
洪承疇得知曹文詔死訊，捶胸頓足，嚎啕大哭，隨萌生退意。隨後李自成與高迎祥等義軍，率軍向東逼近，洪承疇一路撤退，一直撤到西安方才停止。洪承疇在西安徵發百姓，招募士卒，加固城牆，並準備火油，滾木，礌石，箭失，火藥等物，準備死守西安。
李自成與高迎祥與各路義軍會師鳳翔，合兵二十萬，直逼西安，連營五十裡，烽火照西京。然，洪承疇畢竟當世豪傑，再加上其身處守勢，有西安城高大堅固的城牆為依託，義軍勐攻一個多月，損失慘重，卻毫無寸功。
張獻忠與羅汝才等人開始不滿，李自成無奈，只能與高迎祥商議，轉到攻略涇陽，鹿胎，臨潼等縣，兵力開始分散。
崇禎八年十月初十，洪承疇趁夜出西安，三個晝夜行軍一百八十裡，抵達偷襲李自成軍後軍。李自成後軍大潰，義軍這段時日劫掠的所有糧草輜重，全都由後軍所掌握。後軍被洪承疇擊潰，糧草同樣被焚燒一空。
李自成高迎祥等人急眼了，在鹿臺一帶要跟洪承疇拼了。洪承疇堅壁清野，據守城池，避而不戰，義軍缺乏攻堅兵器，連番進攻卻一無所獲。時間一長，義軍糧草不足的後果開始顯現。一些僅為利益而來之人趁機逃竄，不知所蹤，就連張獻忠羅汝才等人也在猶豫，是否還有必要在此與洪承疇耗下去。
就在義軍猶豫不決之際，洪承疇忽然傾巢而出，直奔義軍主力而來。雙方隨即展開決戰。就在雙方決戰的關鍵時機，張獻忠忽然向東撤退，李自成原本的戰陣隨即出現缺口。洪承疇抓住時機，派人勐攻。義軍隨即全軍大潰，士兵們滿身遍野只為逃命。
洪承疇卻不管其他人究竟如何，他的心中只有李自成一人。在他看來，義軍能有如此規模，與李自成此人脫不開干係，即便名義上的義軍首領高迎祥，也不如李自成遠甚。拿下李自成，或許義軍就會被徹底破滅。
李自成被追的上天無路，如此無門，抱頭鼠竄。期間，其他各路義軍也都在拼命逃亡，根本就沒人願意出手援助。高迎祥倒是有這個心思，但他現在勢力大損，尚且自顧不暇，哪還有精力去管李自成的死活？
李自成向東，準備透過商洛通道進入河南。然而，洪承疇早有預料，一股千人的隊伍已經佔據了藍田，阻塞了道路。要是放在以前，千人的隊伍根本就不入李自成的眼，反手可滅。
然而，現在李自成勢力大損，根本無力攻下藍田，當然最重要的就是也沒那個時間。李自成掉頭向西，穿西安而過，進入鄠縣。然而，洪承疇的人馬，早就在鄠縣等候多時。李自成殘軍剛進入鄠縣，就被洪承疇的伏兵所伏擊。是役也，李自成僅帶三百騎倉皇逃竄。
洪承疇帶著大軍緊追不捨，誓要將李自成生吞活剝不可。一路跑，一路戰，李自成身邊的騎兵漸漸稀少，逃至終南山之際，身邊之剩一十八騎，當真是狼狽至極。
然而，到了這裡，李自成還未稍做喘息，之見又有數千騎兵從不遠的山坡上，衝下來，目標直指李自成本部。李自成等人大驚失色，連忙跨上戰馬繼續逃竄。
然而，此時戰馬早已力竭，沒跑出去多遠，便口吐白沫，癱倒在地，不能再跑。李自成大罵，回頭見身後追兵追之愈急，情急之下，看到一旁微微終南山，李自成大吼：“隨我進山。”
隨即，所有人棄馬步行，向一旁的終南山跑去。身後追兵卻也騎馬進山，距離李自成越來越近。李自成心中大罵，卻又無可奈何，只能向很深的山林，更險絕的山路逼近。如此，一直走了不知道多少個日夜，終於再也聽不到背後追兵的聲音，李自成這才癱軟在地。
喘息著山林間獨特的清新空氣，李自成仰天長笑，今日你殺不死我，來日我必千倍報之。就在李自成等人正在慶幸脫離官軍掌控之際，忽然一支羽箭從空中射來，直直定在李自成身前。
隨後數十名全副武裝，手持利刃的士兵包圍了他們，其中一人更是興奮的對一旁的士卒吩咐道：“快去彙報給將軍，我們抓到了李自成。”