神農接位天下共主後，時刻銘記了無歸道人教導的為洪荒萬民作想，神農以德義治理天下。他行事光明磊落，大公無私，天下萬民共同愛戴。有他治理的地方，不賞而民勤、不罰而民正，人民生活富足而快樂。
人類學會種植五穀後，許多吃不完的糧食因為儲存不好而毀壞。神農又教大家捕捉山中幼獸小鳥，用那些吃不完的糧食來飼養，等到幼獸小鳥長大後再將其宰殺。這樣，可謂一舉兩得，既將那些吃不完的糧食發揮了功用，有免除了人族去山上捕獵的危險。慢慢的，人們發現豬羊、狗、雞等六種動物最好飼養，便將其統稱為“六畜”。
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五穀六畜的出現，標誌著人類文明進入了一個嶄新的農業發展階段。這時候，人類的勞動果實已有剩餘。
從此人們不再缺少食物，並且還有剩餘，有時剩餘多了吃不完又不能長期儲存，無奈只得扔掉，浪費不已。
神農無法，只得向無歸道人求教，無歸道人聞言笑道：“此事何難，吾且問你，東家有五穀，西家有六畜，各自又剩餘，可是東家有五穀卻不食六畜，西家有六畜卻不食五穀，如何能使雙方不單單自食用其中一種呢？”
神農乃是天生聖賢，自然是一點就通，當即命人在陳都城內建立了一條大街，並以之為市致天下之民，聚天下之貨，交易而退，各得其所。如此人們有多餘的物品便拿到這裡互相交換自己認為值得和有用的東西，不僅大大減少了浪費，更將之用在了有用的地方。
那時候的人族還是用獸皮裹身，後來神農治麻為布，並將之推廣，從此人們用麻布來做成衣裳，不用再穿獸皮，逐漸走出愚昧！
雖然有伏羲發明了瑟，但人民除了生產還是沒有什麼更加豐富的生活，神農於是乃取東海之桐，削之為琴，結絲為弦，長三尺六寸六分，上有五弦，曰：宮、商、角、徵、羽。其聲可道天地之德，能表神農之和，能使人們娛樂，人皆謂之為神農琴也！
時人族每烤制食物皆用手，如若不小心常會被灼傷，更是缺少盛物的器皿，神農乃以土製成各種可是盛裝的器皿，謂之為陶器，自此人們可以用陶器來盛食物，方便了許多。
雖然知道了春夏秋冬，但卻不知該在什麼時候種植谷種，什麼時候是收穫的季節，神農於是乃歷數年觀察四時變化，冷暖交替，在伏羲時代的曆法上加以改進，立歷日，立星辰，分晝夜，定日月，月為三十日，十一月為冬至。從此人們懂得了什麼時候該是種植谷種，什麼時候該是收穫，如此生產大大增加了許多。
神農因天之時，分地之利，始治農功、正氣節、審寒溫，以為早晚之期，故歷日。神農管理部落，不望其報，不貪天下之財，而天下共富之。智貴於人，天下共尊之。他以德以義，不賞而民勤，不罰而邪正，不忿爭而財足，無制令而民從，威厲而不殺，法省而不煩，人民無不敬戴。
在神農的治理之下，人族的發展又進入了一個全新的時代，但是新的問題也是接踵而來。
這一年，天氣異常，許久都是滴雨不下。大旱之下人族的收成不佳，時常發生有人因族誤食有毒之物中毒而死的事情。這種情讓神農開始擔憂起來。而後，神農經常得聽到有些老弱族人偶爾遇上頭痛、發燒之事仍然無法治癒，有些族人就這樣死掉了，甚至一些壯年男女發生這樣的狀況也就無法幹活了，只能躺在床上等著好轉，而且這些現象現在越來越多，再就是誤食毒物或被毒蟲、毒蛇所傷的族人越來越多，人族卻是束手無策，只能眼睜睜的看著族人死去。
神農在思量許久之後，還是無法找到解決此事的辦法，只好前去尋找自己那老師無歸道人請求幫助。
無歸道人在聽聞了神農的訴說之後，道：“天地之間，萬物相生相剋，生老病死，乃是生靈之本，便是聖人也無法免除眾生之苦厄，人族得病，蓋因皆是肉體凡胎的緣故，不過，生有常，死有道，病痛可用藥物來醫治，只是天下病痛無數，所用藥物也是不盡相同，你若是想要盡除人族之病痛，怕是不易啊。”
“請師尊教我！”神農聞言連忙跪下說道。
“罷了罷了，你就有心，吾便助你一臂之力。”無歸道人嘆了口氣，知道接下來，這神農怕是要遭受多年苦厄了，從懷中取出一方銅鼎，一方軟鞭，遞給神農說道：“此乃先天靈寶造化鼎，天生蘊含造化生機，用來煉藥製藥，最是適合，貧道便將其傳給你，用以煉藥，此為先天靈寶褚鞭，可辨識萬物之屬性，又此兩物助力，應該能助你免除人族病痛之厄了。”
“多謝師尊。”神農聞言大喜，連忙接過造化鼎和褚鞭，便辭別無歸道人，尋求藥草去了。
神農得到無歸道人指點，辨識天下萬物求治病良藥，以解人族病痛之厄，可是天下萬物種類繁多，神農雖然有無歸道人賜下的楮鞭，能夠每種植物的屬性辨別清楚，可是知道具體屬性，卻並不知道這些植物的好壞，藥效，什麼能夠治病，什麼能夠害人，治病的能夠治什麼病，害人的被誤食了又該如何解決。
最終，神農下定了決心，他決定親自去嘗試天下萬物，分辨百草之善惡，他有天生的水晶肚，能夠分辨什麼藥草有毒，什麼藥草無毒，也能分辨藥草功效，而且身具功德在身，能夠化解毒性。
一路之上，神農也不知道嘗試了多少種藥草，其中有毒的數不勝數，每一次毒藥入腹，都讓神農受盡折磨，雖然依靠他的水晶肚和功德，他每一次都能轉危為安，可是如此持續不斷的痛苦，卻是讓他飽受折磨，原本健壯的身軀，也變得蒼老不堪，好似百歲老人一樣。